Definicje magazynowania reguluje ta sama ustawa, która określa tą nazwą czasowe przetrzymywanie lub gromadzenie odpadów przed ich transportem odzyskiem lub unieszkodliwieniem. Istotnym aspektem magazynowania są jednak ograniczenia czasowe ustalone dla tego procesu. I tak odpady przeznaczone do odzysku lub unieszkodliwiania mogą być magazynowane maksymalnie do 3 lat, natomiast odpady przeznaczone do składowania nie dłużej niż 1 rok.

Powyższe definicje wiążą się bezpośrednio z obowiązkami związanymi z gospodarką odpadami. O ile proces składowania wymaga uzyskania odpowiedniego zezwolenia na prowadzenie takiej działalności (art. 26 ustawy o odpadach), to na magazynowanie nie jest wymagane odrębne zezwolenie. Nie oznacza to jednak, iż czynność ta jest zupełnie pozbawiona regulacji prawnych. Wielu przedsiębiorców, których działalność wymaga magazynowania odpadów często zapomina, iż proces ten związany jest zawsze z konkretnym działaniem dotyczącym wytwarzania lub zagospodarowania odpadów, co może mieć wpływ na konieczność uzyskania odpowiednich zezwoleń i wypełnienie określonych obowiązków.

Konkretnym przypadkiem związanym z uzyskaniem zezwolenia, warunkowanego magazynowaniem odpadów, jest transport odpadów. O ile firma posiadająca zezwolenie na transport odpadów nie musi posiadać zezwolenia za ich zbieranie, gdyż przewozi je np. bezpośrednio od wytwórcy do miejsca unieszkodliwienia lub recyklingu, o tyle w momencie konieczności ich czasowego magazynowania musi już się o nie starać. Wprawdzie zezwolenie wydawane jest na prowadzenie działalności w zakresie zbierania odpadów, ale w tym konkretnym przypadku można by je umownie nazwać pozwoleniem na prowadzenie działalności magazynowania odpadów, gdyż faktycznie właśnie tego procesu dotyczy.

Określenie miejsca i sposobu magazynowania odpadów wymagane jest ponadto w szeregu zezwoleń. Są to: pozwolenie zintegrowane, pozwolenie na wytwarzanie odpadów, decyzji zatwierdzającej program gospodarki odpadami niebezpiecznymi, zezwoleniu na prowadzenie działalności w zakresie odzysku lub unieszkodliwiania odpadów oraz w zezwoleniu na prowadzenie działalności w zakresie zbierania lub transportu odpadów. Miejsce i sposób składowania odpadów należy również przedstawić w informacji o wytwarzanych odpadach oraz o sposobach gospodarowania nimi, którą składa się do starostwa powiatowego wraz z rozpoczęciem działalności gospodarczej, w wyniku której ilość wytworzonych odpadów innych niż niebezpieczne przekroczy ilość 5-ciu ton na rok.

Oczywiście wymagania w stosunku do miejsca magazynowanie odpadów nie są tak rygorystyczne jak w przypadku składowania odpadów. Podczas gdy jedynym wymogiem dla posiadacza odpadów jest posiadanie tytułu prawnego do terenu, na którym zamierza magazynować odpady, warunki lokalizacji składowiska regulują przepisy o zagospodarowaniu przestrzennym. Ustawa o odpadach określa ponadto szczegółowo wymagania dotyczące lokalizacji, budowy i eksploatacji miejsc składowania odpadów. Należy jednak podkreślić, iż w obu przypadkach istnieje obowiązek właściwego postępowania z wytworzonymi odpadami, co reguluje prawo ochrony środowiska, a w szczególności ustawa o odpadach.

Decyzje na prowadzenie składowiska wydaję wojewoda właściwy ze względu na miejsce prowadzenie inwestycji. Powodowane jest to faktem klasyfikowania składowania jako przedsięwzięcia znacząco oddziałującego na środowisko. Jeśli chodzi o magazynowanie, które jest jednym z elementów zbierania odpadów i w związku z tym, w niektórych przypadkach (przykład powyżej) jest tożsame z uzyskaniem pozwoleniem na prowadzenie działalności zbierania odpadów, sprawa jest trochę bardziej skomplikowana.

Zezwolenie na prowadzenie działalności w zakresie zbierania odpadów wydaje się, podobnie jak w przypadku składowania, ze względu na miejsce zbierania odpadów. Organem wydającym nie jest jednak wojewoda, lecz starosta. Proces wydawania zezwolenia komplikuje się, jeśli firmą starającą się o zezwolenie jest firmą transportową. Zezwolenie na transport odpadów wydaje bowiem starosta właściwy ze względu na miejsce siedziby firmy transportowej. W przypadku, gdy miejsce zbierania odpadów jest w tym samym powiecie, w którym znajduje się siedziba firmy wykonującej transport to może ona wystąpić o oba pozwolenia w jednym wniosku. W innym przypadku będzie zmuszona do złożenia dwóch odrębnych wniosków.

Jeszcze innym przypadkiem jest sytuacja, w której odpady zbierane są w innym miejscu niż miejsce wytwarzania. Wtedy decyzję wydaje starosta właściwy ze względu na miejsce wytwarzania odpadów, po zasięgnięciu opinii wójta, burmistrza lub prezydenta miasta właściwego ze względu na miejsce zbierania odpadów.

Reasumując pomimo niewątpliwych podobieństw czynności związanych ze składowaniem i magazynowaniem odpadów z technicznego punktu widzenia, te dwa procesy traktowane są przez przepisy prawne zupełnie odmiennie i warto o tym pamiętać by nie ponieść konsekwencji związanych z nieprzestrzeganiem prawa.