Generalnie zasada jest taka, że podmiot korzystający ze środowiska we własnym zakresie określa wielkość emisji i należnych opłat.
Należy sprawdzić dokładnie jakie wskaźniki były użyte do opracowania wniosku - jeśli jest to spalanie paliw, to czy są one wyrażone w g/ Mg lub m3 paliwa lub np. w g/ GJ wyprodukowanego ciepła. We wniosku powinno być podane źródło ustalenia wskaźników emisji i jednoistaka w jakiej są one wyrażone. Nie wiem nic o wskaxnikach z 2003 r., stosuje się natomiast powszechnie do spalania paliw wskaźniki z Materiałów instruktażowych MOŚZNiL z 1996 r.
Jeśli pomiary wielkości emisji prowadzone są zgodnie z obowiązującymi przepisami rozporządzenia (metodyki referencyjne, częstotliwość, akredytowane laboratorium pomiarowe), to jeśli wskaźniki z pomiarów są korzystniejsze (a przeważnie są), można je zastosować, wówczas emisja jest niższa i tym samym opłaty. W ciepłowniach i kotłowniach powszechnie stosuje się wskaźnik wyrażony w g/ GJ wyprodukowanego ciepła. Wielkość produkcji ciepła ustala się w oparciu o odczyt z układu pomiarowego (np. ciepłomierza) za źródłem emisji lub wyznacza teoretycznie według ilości energii wprowadzonej w paliwie, tzn. zużycie paliwa x wartość opałowa paliwa x sprawność źródła (kotła).